菌落計數器的種類繁多，主要分為：半自動菌落計數器，全自動菌落計數器，全自動菌落計數儀或菌落計數系統這三種，價格是根據客戶實驗檢測的要求不同，價格也就不等。
一般半自動的菌落計數器價格不高，也就在幾百元到2000元不等，這里主要有培養皿的尺寸、計數總數范圍的不同而有所改變；全自動的菌落計數器和全自動菌落計數系統同樣也有很多的不同點，價格也是從1萬至7萬之間不等。
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